Xã Phú Thạnh là xã Loại II được cơ cấu tổ chức như sau:

Có 01 Chủ tịch; 02 Phó Chủ tịch và 06 công chức.

1) Chỉ huy trưởng Ban Chỉ huy Quân sự;

2) Văn phòng - thống kê;

3) Địa chính - nông nghiệp - xây dựng và môi trường (đối với xã);

4) Tài chính - kế toán;

4) Tư pháp - hộ tịch;

6) Văn hóa - xã hội.